随着高通量测序的发展，越来越多的物种被测序。无参转录组是指在没有参考基因组的情况下，对真核生物的转录组进行测序，然后从头组装转录组（de novo transcriptome），进行unigene的表达，差异和功能注释等分析，为深入研究该物种提供研究方向和思路。由于绝大部分已知物种是没有参考基因组的
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CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation），是一种新兴的蛋白质-DNA互作研究方法。它利用带有protein A-Tn5转座酶的特异性抗体与目标蛋白（例如，转录因子）原位结合，转座酶激活后，切割目标蛋白周围的DNA，并连接测序结头，产生测
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piRNA（PIWI-interacting RNA），是一类长约25-33 nt的非编码小RNA，它们通过与PIWI蛋白相互作用而发挥作用，在动物生殖细胞发育分化中发挥着重要作用。piRNA通过和PIW蛋白结合，与转座子互补配对，以阻止转座子表达。此外，PIWI蛋白也可能充当致癌因子或抑癌因子。p
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ChIP-seq（Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing）使用抗体富集的方法在基因组范围内检测多种蛋白（例如转录因子CTCF）和其他染色质相关蛋白（例如H3K4me3）与DNA的相互作用。ChIP-seq用于研究表观基因组如何促进细胞
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LncRNA是一类长度大于200 nt的非编码RNA，通常认为它们并不编码蛋白质，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）参与mRNA基因的调控。作为新型疾病诊断和预后biomarker，越来越多研究者开始关注lncRNA，lncRNA在国自然中的资助也呈逐年上升趋势
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全转录组是指细胞转录出来的所有RNA，包括mRNA和非编码RNA。通常我们所说的全转录组测序通常包括对mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA的测序。每种RNA分子可以单独分析，也可以联合分析，以更加全面地解析这些RNA分子的表达、差异，调控网络。由于测序成本的降低，越来越多的研究者开始选
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mRNA是由DNA的一条链作为模板转录，携带遗传信息，并能指导蛋白质合成的一类单链RNA。随着增强核酸稳定性和递送系统等技术的发展，越来越多的mRNA技术产品从临床试验走向应用，应用范围也不断拓展。 mRNA测序使用oligo d（T）富集方法结合高通量测序研究mRNA的表达和调控，是几乎所有研究的
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circRNA是通过外显子反式剪接（back splicing）形成的一类共价闭合环状RNA，广泛存在于哺乳动物细胞中。circRNA能够抵抗RNA外切酶降解，因此比线性RNA更稳定。它们可以通过(1)竞争结合miRNA充当miRNA海绵，降低miRNA介导的基因表达调控的影响；(2)充当蛋白质海绵
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