Carrier RNA常见类型、作用原理及优缺点介绍
1. Carrier RNA概念及作用
荧光定量PCR是分子诊断主流技术,包括核酸提取和PCR扩增两个环节,两者共同决定了该检测方法的评测参数。以最直观最关键的检测灵敏度指标来看,只有实现了提取环节最优化和PCR扩增环节最优化的情况下,检测灵敏度的结果才更可信。检测灵敏度显示了检测试剂的检测下限,对于荧光定量PCR而言,即一定样本浓度下的病毒核酸检出率。
Carrier RNA,中文名载体RNA,又叫核酸助沉剂。在核酸提取环节,提取使用到的离心管壁多是聚丙烯的材料,管壁上有静电,会吸附核酸。在提取纯化过程中采用Carrier RNA 可帮助核酸去除静电效应,保证核酸能很好被吸附到纯化柱上,提高洗脱效率,从而达到尽可能多的回收样本中核酸!
2. Carrier RNA常见类型
作为核酸沉淀的辅助物质,Carrier RNA有多种类型。
类型 |
代表物质 |
作用原理 |
多聚糖 |
糖原 |
RNA在高盐、无水乙醇环境中溶解度很低,通过高速离心可发生沉淀。当RNA浓度很低时,微量RNA不足以形成沉淀。在上述环境条件下,糖原也不可溶并可与RNA共沉淀,形成可视化沉淀。 |
核酸混合物 |
PolyA钾盐、大肠杆菌总RNA、酵母总RNA、tRNA等 |
减少吸附损失,降低核酸酶攻击待提取核酸的概率。 |
其他 |
线性化丙烯酰胺 |
减少吸附损失 |
3. 优质产品介绍——上海翊圣生物生产的Carrier RNA
翊圣生物Carrier RNA是酵母来源的RNA,无DNase、RNase酶残留,蛋白和DNA残留含量极低。可用于病毒核酸提取、微量DNA提取等实验,提取的核酸可用于后续RT-PCR,RT-qPCR等实验。产品分为液体和冻干型粉末制剂,便于直接使用和长距离运输、保存。
产品名称 |
产品编号 |
规格 |
保存条件 |
Carrier RNA, 6 μg/μL |
19701ES03 |
1 mL |
-20℃保存,可保存2年 |
Carrier RNA Powder, 216 μg/tube |
19703ES01 |
1 tube |
室温保存,可保存1年 |
Carrier RNA Powder, 310 μg/tube |
19704ES01 |
1 tube |
室温保存,可保存1年 |
本品为核酸混合物,产品使用非常简单,在纯化核酸过程中通过添加微克量(μg)的Carrier RNA,即可实现提升低至皮克级别(pg)微量核酸的沉淀效率,达到提升试剂检测灵敏度的目的。
其作用原理主要是通过混入大量核酸(Carrier RNA),减少了目标核酸物质的管壁吸附损失,进而提高微量的核酸纯化柱上的结合和洗脱效率,同时降低了提取环境中的RNase降解微量RNA的概率。
4. 应用案例
Carrier RNA的加入有助于低丰度SARS-CoV-2假病毒核酸检测
使用磁珠法拭子样本病毒DNA/RNA提取试剂盒(产品货号:19387ES),提取不同浓度的SARS-CoV-2假病毒样本核酸,后续使用新冠检测试剂盒进行检测N基因。结果显示,添加Carrier RNA后,具有更高的提取效率,使下游检测更灵敏。
Ct值 |
0 copies/mL |
125 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
NTC |
不加carrier RNA |
N/A; N/A; N/A |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 40.4; N/A |
N/A; 40.16; 40.88 |
38.05; 38.02 |
N/A; N/A; N/A |
加carrier RNA |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 40.54; N/A |
40.2; 40.29; 38.95 |
38.61; 39.03; 38.59 |
37.53; 36.34 |
|
见图1-1
Carrier RNA放置于65℃不同时间(3d,6d,9d)后,与提取性能标准保存条件一致
将Carrier RNA粉末分别放置于65℃ 3d,6d,9d进行加速试验测试,测试方案为:使用磁珠法拭子样本病毒DNA/RNA提取试剂盒(产品货号:19387ES),提取不同浓度的SARS-CoV-2假病毒样本核酸,后续使用新冠检测试剂盒进行检测orf1ab和N基因。结果显示,与标准保存条件(-20℃)相比,置于65℃保存9天的Carrier RNA,性能不发生变化。定量仪器:Biorad CFX96,核酸提取仪:上海儒克生物 Purifier 32 核酸纯化仪。
VIC:
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