微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats，STR)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2~6个核苷酸的串联重复片段构成。由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富，因此微卫星标记的应用非常广泛。微卫星位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析，并根据大小分离等位基因进行检测。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP（限制性内切酶片段长度多态性）高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。
技术特点
（1）数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；
（2）具有多等位基因的特性，提供的信息量高；
（3）以孟德尔方式遗传，呈共显性（如果双亲的性状同时在F1个体上表现出来，即一对等位基因的两个成员在杂合体中都表达的遗传现象称为共显性），可鉴定出纯合子和杂合子；
（4）实验重复性好，结果可靠。每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。
应用范围
（1） 遗传杂交育种
（2） 绘制染色体遗传图谱
（3） DNA指纹和品种鉴定
（4） 种质资源保存和利用
（5） 基因组关联分析
经典案例
案例一
题目：SSR linkage map construction and QTL identification for plant height and ear height in Maize（玉米SSR连锁图谱构建与株高及穗位高QTL定位）
主要技术：SSR分型
技术流程：
文章摘要：用玉米自交系组合R15×掖478的F2群体构建连锁图谱，并通过1年2点随机区组试验设计，考察玉米229个F2：4家系成株期的株高和穗位高。所建连锁图谱上共拟合146个SSR标记位点，覆盖基因组1666cM，标记间平均距离为11．4cM。用复合区间作图法进行QTL分析，共检测到8个控制株高的QTL，分别位于第2、3、4．5和8染色体；3个控制穗位高的QTL位点，位于第4染色体。单个株高QTL的贡献率变幅为6．67％-11．59％，单个穗位高QTL贡献率变幅为10．46％-12．15％。
案例二
题目：利用SSR技术对黄瓜新品种津优35号进行种子纯度鉴定
主要技术：SSR分型
技术流程：
文章摘要：利用天津科润公司建立并优化了的黄瓜种子纯度鉴定技术体系，筛选黄瓜新品种津优35号特异分子标记。试验选用80多对SSR引物中，有2对引物（85号和212号）在杂交种和亲本间表现多态性，杂交种条带为父母本的互补型，且特异性强，适合做杂交种纯度鉴定。用这2对引物对津优35号50粒种子进行了SSR鉴定。结果表明：这2对引物鉴定结果相同，且与田间鉴定结果吻合率高达96％以上，表明所筛选到的2个SSR标记可以作为津优35的特异分子标记用于其种子纯度的鉴定。